Эрик Кестнер был пацифистом и писал в основном для детей. При этом он не стал эмигрировать из Германии, когда в стране установился нацистский режим. Кестнер стал очевидцем событий изнутри, а заодно и их жертвой. Несколько раз Эрик Кестнер допрашивался в гестапо, он был выгнан из гильдии писателей. Книги Кестнера сжигались нацистами как «противоречащие духу Германии». Лишь в 1942 г. Кестнеру разрешили написать сценарий к фильму Мюнгхаузен. В 1944 г. его дом в Берлине был разрушен при бомбёжке. В начале 1945 г. он переехал в Тироль. О своих переживаниях во время нацизма Кестнер издал дневник.

После войны Кестнер переехал в Мюнхен, где редактировал местную газету Neue Zeitung и публиковал юношеский журнал «Пингвин». К тому же Кестнер работал на различных радиостанциях, написав ряд песен, скетчей, радиопьес, речей и эссе на темы нацизма, Второй мировой войны, суровых трудностей пост-военной Германии.

Оптимизм писателя давал надежду измученным немцам ФРГ в восстановлении их родины. После «экономического чуда» ФРГ вступает в НАТО, что не обрадовало пацифиста Кестнера. Он также был против Войны во Вьетнаме. Кестнер не вступал ни в какие литературные общества, оставаясь детским писателем. При этом своих детей, семьи  у писателя не было, Повторное открытие творчества Кестнера произошло в 70-х годах, когда все его книги были экранизированы. Он был лауреатом многих литературных премий, президентом различных обществ т.д.

Эрих Кестнер умер в больнице Нойперлах (Neuperlacher Krankenhaus) 29 июля 1974 и был похоронен на кладбище Святого Георгия в Мюнхене. В 2024 году отмечается 50-летие со дня смерти писателя и 125-летие со дня его рождения.